大多数人认为胚胎骤停与男性无关。事实上，胚胎骤停与男性有很大关系。有些男性是平衡易位或染色体罗氏易位的携带者。如果孕妇的丈夫是染色体异常携带者，那么她的胚胎是正常胚胎的概率就非常低，因此她的胎儿往往会因为胚胎染色体异常而面临自然淘汰。

还有一些男性缺乏 Y 染色体位点，这也会导致胎儿骤停的发生率相对较高。通常情况下，携带 Y 染色体缺失位点的男性的精子质量较差，通常表现为死亡精子综合征、严重少-精子综合征甚至无精子综合征。这种精子妊娠实际上首先是难以受孕，其次即使受孕，胚胎通常也是异常胚胎，导致胎儿骤停。在复发性流产患者中，生殖道解剖畸形的发病率约为 19%，高于普通人群。这包括先天性解剖畸形，约占 7%，如独角子宫（0.7%）、双角子宫（0.8%）、纵隔子宫（4.9%）和双角子宫（0. 2%），以及继发性解剖异常，如宫腔粘连（4.1%）、子宫肌瘤（6.1%），约占 12.9%，子宫子宫内膜息肉（3.1%）等。

妊娠的维持需要下丘脑-垂体-卵巢轴分泌的激素的有效支持，内分泌失调可导致复发性流产。8%到12%的复发性流产是由内分泌失调引起的，包括甲状腺功能障碍、黄体功能不全、高催乳素血症、多囊卵巢综合征、糖尿病、胰岛素抵抗等。